Berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan RI Nomor 4 Tahun 2025 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal KSDAE. Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam adalah organisasi pelaksana tugas teknis di bidang konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistem yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam Dan Ekosistem Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan. 

Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam mempunyai tugas tugas melaksanakan pengelolaan konservasi sumber daya alam dan ekosistemnya di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, konservasi keanekaragaman hayati ekosistem, spesies, dan genetik, koordinasi teknis pembinaan pengelolaan taman hutan raya, serta fasilitasi areal preservasi sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. 

Dalam melaksanakan tugasnya, Unit Pelaksana teknis Konservasi Sumber Daya Alam menyelenggarakan fungsi :

  1. Pelaksanaan inventarisasi potensi, penyusunan blok pengelolaan dan penataan wilayah kerja, penyusunan rencana pengelolaan, pemetaan dan pemolaan, serta evaluasi fungsi pada kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  2. Pelaksanaan perlindungan dan pengamanan kawasan, serta pemeliharaan batas cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  3. Pelaksanaan pengendalian dampak kerusakan sumber daya alam hayati di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  4. Pelaksanaan pemanfaatan berkelanjutan spesies tumbuhan dan satwa liar;
  5. Pelaksanaan pemanfaatan sumber daya genetik dan pengetahuan tradisional di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  6. Pelaksanaan pengawetan keanekaragaman spesies dan genetik tumbuhan dan satwa liar beserta habitatnya di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  7. Pelaksanaan pengelolaan plasma nutfah di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  8. Pelaksanaan pengelolaan aspek kesehatan satwa liar, surveilans, dan pengendalian jenis invasif di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  9. Pelaksanaan pemanfaatan jasa lingkungan wisata alam, air dan energi air, panas matahari, angin, panas bumi, dan/atau karbon di suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  10. Pelaksanaan evaluasi pengelolaan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  11. Pelaksanaan pemulihan ekosistem dan penutupan kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  12. Pelaksanaan penyiapan pembentukan dan operasional kesatuan pengelolaan hutan konservasi;
  13. Pelaksanaan penyediaan data dan informasi konservasi sumber daya alam dan ekosistem di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  14. Pelaksanaan penyelenggaraan kerja sama bidang konservasi sumber daya alam dan ekosistem di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  15. Pelaksanaan pengawasan dan pengendalian peredaran spesies dan genetik tumbuhan dan satwa liar di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  16. Pelaksanaan koordinasi teknis pembinaan pengelolaan taman hutan raya;
  17. Pelaksanaan bina cinta alam dan penyuluhan konservasi sumber daya alam dan ekosistem di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  18. Pelaksanaan penyelenggaraan kemitraan konservasi di dalam cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  19. pelaksanaan pemberdayaan dan peran serta masyarakat di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
  20. Pelaksanaan fasilitasi areal preservasi;
  21. Pelaksanaan pelayanan perizinan bidang konservasi sumber daya alam dan ekosistem di dalam dan di luar cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru; dan
  22. Pelaksanaan penyusunan rencana, program, anggaran, dan pelaporan, urusan administrasi sumber daya manusia, keuangan, pengelolaan barang milik/kekayaan negara, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, dan hubungan masyarakat, advokasi hukum, dan pengelolaan data dan informasi..

Berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan RI Nomor 4 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksanaan Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Balai KSDA Yogyakarta termasuk dalam UPT KSDA Kelas II dan Tipe B, dengan struktur organisasi terdiri atas sebagai berikut:

  1. Sub Bagian Tata Usaha: 
  2. Seksi Konservasi Wilayah I
  3. Seksi Konservasi Wilayah II, dan
  4. Kelompok Jabatan Fungsional (Perencana, Polisi Kehutanan, Pengendalian Ekosistem Hutan, dan Penyuluh Kehutanan)