Balai Konservasi Sumber Daya Alam (KSDA) Yogyakarta merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Kementerian Kehutanan Republik Indonesia. Balai KSDA Yogyakarta mempunyai tugas menyelenggarakan pengelolaan konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya pada kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, serta melaksanakan konservasi keanekaragaman hayati pada tingkat ekosistem, spesies, dan genetik. Selain itu, Balai KSDA Yogyakarta juga melaksanakan koordinasi teknis pengelolaan taman hutan raya (Tahura) serta kawasan ekosistem esensial (KEE) atau kawasan bernilai konservasi tinggi sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan Republik Indonesia Nomor 4 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksanaan Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Balai KSDA Yogyakarta merupakan UPT KSDA Kelas II Tipe B dengan struktur organisasi sebagai berikut:

1. Subbagian Tata Usaha

Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program, anggaran, dan pelaporan; administrasi kepegawaian dan keuangan; pengelolaan Barang Milik Negara (BMN); kerja sama; tata persuratan dan kearsipan; kerumahtanggaan; hubungan masyarakat; advokasi hukum; pelayanan perizinan; serta pengelolaan data dan informasi.

2. Seksi Konservasi Wilayah I dan Seksi Konservasi Wilayah II

Seksi Konservasi Wilayah I dan Wilayah II mempunyai tugas melaksanakan kegiatan inventarisasi potensi, penataan kawasan, penyusunan rencana pengelolaan, perlindungan dan pengamanan kawasan, pemeliharaan batas kawasan, pengendalian kerusakan sumber daya alam hayati, pengendalian kebakaran hutan, pemanfaatan berkelanjutan tumbuhan dan satwa liar beserta sumber daya genetik, pengawetan spesies dan habitatnya, pengelolaan keamanan hayati, surveilans dan pengendalian penyakit yang bersumber dari satwa liar, pengendalian spesies invasif, pemanfaatan jasa lingkungan, evaluasi pengelolaan kawasan, pemulihan ekosistem, operasionalisasi kesatuan pengelolaan hutan konservasi, penyediaan data dan informasi konservasi, penyelenggaraan kerja sama, pendidikan dan penyuluhan konservasi, kemitraan konservasi, serta pemberdayaan masyarakat dalam pengelolaan kawasan konservasi.

3. Kelompok Jabatan Fungsional

Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan masing-masing dalam mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi Balai KSDA Yogyakarta sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Wilayah Kerja

Wilayah kerja Balai KSDA Yogyakarta meliputi seluruh wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) dengan luas sekitar 3.185,80 km², yang mencakup satu kota dan empat kabupaten, yaitu Kota Yogyakarta, Kabupaten Sleman, Kabupaten Bantul, Kabupaten Kulon Progo, dan Kabupaten Gunungkidul.

Balai KSDA Yogyakarta mengelola kawasan konservasi seluas 632,730 hektare, yang terdiri atas:

• Cagar Alam (CA) seluas 11,837 hektare, meliputi:
  • Cagar Alam Imogiri (Kabupaten Bantul); dan
  • Cagar Alam Batu Gamping (Kabupaten Sleman).
• Suaka Margasatwa (SM) seluas 619,824 hektare, meliputi:
  • Suaka Margasatwa Sermo (Kabupaten Kulon Progo); dan
  • Suaka Margasatwa Paliyan (Kabupaten Gunungkidul).
• Taman Wisata Alam (TWA) Batu Gamping seluas 1,069 hektare yang berada di Kabupaten Sleman.

Resor Pengelolaan

Dalam mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi pengelolaan kawasan konservasi, Balai KSDA Yogyakarta membentuk unit pelaksana di tingkat lapangan berupa resor dan Unit Perlindungan Satwa (UPS). Resor bertugas melaksanakan pengelolaan kawasan, perlindungan dan pengamanan, monitoring keanekaragaman hayati, pemberdayaan masyarakat, serta pelayanan konservasi di wilayah kerjanya. Sedangkan UPS bertugas untuk perlindungan, penyelamatan, perawatan, dan pemeliharaan satwa. 

Saat ini Balai KSDA Yogyakarta memiliki 5 (lima) resor dan 1 (satu) UPS, yaitu: